今回は、宇宙生物研究所に進入した寄生生物を駆逐するのが使命だ。今作の舞台はバイオロジック宇宙生物研究所。ここで連続発生する事件を、サムスは解決していかなければならない。しかし、その研究所に寄生してしまった「X」という生物には、恐ろしい能力が備わっていた。「X」は、寄生した生物と同じ形態になることができるのだ。サムスのDNAをもとに、「X」はもう一人のサムスとなり、サムスと対峙することとなる。プレイ中に、このニセサムスと出会うかも知れない緊張感が、ゲームを盛り上げてくれる。

   今作には、同時期発売のGAMECUBE版「メトロイドプライム」との連動企画が用意されている。ゲームをクリアした後、GAMEBOY ADVANCE本体と「メトロイドプライム」がセットされたGAMECUBEを接続ケーブルでつなげると、NES版（北米版ファミリーコンピュータ）「メトロイド」をプレイすること可能となる。また、逆に「プライム」を「フュージョン」のスーツ姿でプレイすることも能だ。（樋口浩二）